اعتبارسنجی یک پلتفرم بیوانفورماتیکی
عصر جدید کشف دارو به طور فزایندهای متکی بر تحلیل حجم عظیمی از دادههای بیولوژیکی و شیمیایی است. بیوانفورماتیک، با تلفیق علوم کامپیوتر و زیستشناسی، ابزارهای قدرتمندی را برای شناسایی اهداف دارویی جدید، پیشبینی فعالیت ترکیبات و درک مکانیسم بیماریها فراهم آورده است. توسعهی پلتفرمهای بیوانفورماتیکی که بتوانند فرآیند کشف دارو را تسریع بخشند، ایدهای بسیار ارزشمند اما نیازمند تخصصهای چندگانه و دسترسی به منابع داده و محاسباتی قوی است. شتابدهنده اکونوریس، به عنوان بزرگترین شتابدهنده تخصصی داروسازی در ایران، با شناخت اهمیت این رویکردهای نوین، خدماتی متنوع را برای پرورش ایدههای نوآورانه در این حوزه نیز ارائه میدهد. تیم ۴ نفره “دادهزیست”، نمونهای برجسته از تلاقی بیوانفورماتیک و داروسازی در اکونوریس است؛ این تیم با ایدهی “اعتبارسنجی یک پلتفرم بیوانفورماتیکی برای شناسایی اهداف دارویی جدید در بیماریهای نادر”، موفق به پذیرش در برنامه شتابدهی اکونوریس در سال ۱۴۰۲ شد و طی ۱۲ ماه، پروژه خود را با موفقیت به سرانجام رساند.
ایده اصلی تیم دادهزیست، توسعه و اعتبارسنجی یک پلتفرم نرمافزاری بود که با تحلیل دادههای ژنومیک، پروتئومیک و سایر دادههای بیولوژیکی موجود در پایگاههای داده عمومی، بتواند ژنها یا پروتئینهایی را که پتانسیل تبدیل شدن به اهداف دارویی جدید را دارند، به ویژه در بیماریهای نادر که مسیرهای مولکولی آنها کمتر شناخته شده است، شناسایی کند. تحقق این ایده نیازمند توانمندی در برنامهنویسی، الگوریتمهای بیوانفورماتیک، دسترسی به دادههای بزرگ، و مهمتر از همه، توانایی اعتبارسنجی بیولوژیکی پیشبینیهای محاسباتی بود. تیم ۴ نفره، که اعضای آن دارای تخصص در بیوانفورماتیک و بیولوژی بودند، برای تبدیل این ایده به یک پلتفرم عملی و اثبات کارایی آن، با چالشهایی نظیر نیاز به دسترسی به منابع محاسباتی قوی، پایگاههای داده تخصصی، و امکانات آزمایشگاهی برای تأیید پیشبینیها روبرو بودند.
پس از ورود به اکونوریس، تیم دادهزیست توانست از اکوسیستم حمایتی این شتابدهنده برای پیشبرد پروژه خود استفاده کند. دسترسی به اتاق پژوهشی اختصاصی، فضایی ایدهآل را برای تیم فراهم کرد تا بتوانند با تمرکز بر روی توسعهی الگوریتمها، تحلیل دادههای بزرگ، و کار با پلتفرم بیوانفورماتیکی خود فعالیت کنند. این فضا با فراهم آوردن زیرساختهای ارتباطی و امکانات لازم برای کارهای محاسباتی، به عنوان مرکز فرماندهی پروژه بیوانفورماتیکی تیم عمل کرد. ارتباط این اتاق پژوهشی با سایر امکانات اکونوریس، به ویژه امکانات آزمایشگاهی، نقشی حیاتی در اعتبارسنجی پیشبینیهای پلتفرم ایفا کرد. تیم دادهزیست توانست از آزمایشگاههای اکونوریس برای انجام تستهای بیولوژیکی پایه بر روی ژنها یا پروتئینهایی که پلتفرم آنها به عنوان اهداف دارویی کاندید پیشبینی کرده بود، استفاده کند. این آزمایشها، مانند بررسی سطح بیان ژن (با استفاده از Real-time PCR) یا تحلیل پروتئینها (با استفاده از وسترن بلات)، شواهد تجربی مستقیمی را برای تأیید بیولوژیکی پیشبینیهای محاسباتی ارائه دادند. این دسترسی دوگانه (محاسباتی و آزمایشگاهی) در یک مجموعه، فرآیند اعتبارسنجی را به شدت تسریع کرد.
علاوه بر زیرساختهای فنی، تیم دادهزیست از خدمات منتورینگ و مشاورهای تخصصی اکونوریس نیز بهرهمند شد که برای یک پروژه بینرشتهای مانند بیوانفورماتیک و داروسازی حیاتی بود. منتورینگ علمی توسط دانشمندان برجسته در حوزههای بیوانفورماتیک، ژنتیک، بیولوژی مولکولی و فارماکولوژی، به تیم در بهینهسازی الگوریتمها، انتخاب دادههای مناسب، طراحی آزمایشهای اعتبارسنجی بیولوژیکی، و تفسیر صحیح نتایج کمک کرد و بنیان علمی پروژه را تقویت نمود. منتورینگ اداری، راهنماییهای لازم را در زمینه مدیریت امور شرکت نوپا و آشنایی با فرآیندهای اداری مرتبط با شرکتهای دانشبنیان ارائه داد. منتورینگ حقوقی توسط حقوقدانان متخصص در حوزه مالکیت فکری و حقوق فناوری، به تیم در خصوص حفاظت از مالکیت فکری پلتفرم نرمافزاری خود، دادههای تولید شده، و آشنایی با الزامات قانونی مرتبط با دادههای بیولوژیکی کمک کرد و چارچوب حقوقی لازم را فراهم آورد.
تیم ۴ نفره دادهزیست با تکیه بر تخصص خود و بهرهمندی از تمامی خدمات حمایتی و زیرساختهای تخصصی در اکونوریس، توانست در بازه زمانی ۱۲ ماهه در سال ۱۴۰۲، پروژه اعتبارسنجی پلتفرم بیوانفورماتیکی خود را با موفقیت به سرانجام برساند. “به سرانجام رساندن” این پروژه، به معنای اثبات موفقیتآمیز توانمندی پلتفرم در شناسایی اهداف دارویی جدید با استفاده از مجموعهدادههای مرجع، و ارائه شواهد اولیه آزمایشگاهی (حاصل از آزمایشگاههای اکونوریس) برای تأیید بیولوژیکی برخی از اهداف پیشبینی شده بود. این نتایج، بنیان محکمی برای توسعهی بیشتر پلتفرم و کاربرد آن در فرآیندهای کشف داروی واقعی فراهم آورد. موفقیت تیم دادهزیست در پیشبرد پروژهای در این مرز دانش و فناوری، نمونهای برجسته از توانمندی اکونوریس در حمایت از ایدههای پیشرفته و بینرشتهای در حوزه سلامت است. اکونوریس با ارائه خدمات تخصصی و متنوع خود، به عنوان بزرگترین شتابدهنده تخصصی داروسازی در ایران، نقشی بیبدیل در پرورش و شتابدهی به نوآوریهای مبتنی بر داده و فناوری در حوزه سلامت و داروسازی ایفا میکند.